Kepemimpinan STT GKE periode 2025 – 2029 adalah sebagai berikut:
Ketua
Pdt. Dr. Sanon
Wakil Ketua 1 Bidang Akademik/ Kepala Program Sarjana
Pdt. Dr. Keloso S. Ugak
Wakil Ketua 2 Bidang Keuangan dan Kerumahtanggaan
Pdt. Dr. Idrus Sasirais
Wakil Ketua 3 Bidang Kemahasiswaan dan Spiritualitas
Pdt. Enta Malasinta Lantigimo, D.Th.
Wakil Ketua 4 Bidang Penelitian, Publikasi dan Pengabdian kepada Masyarakat
Pdt. May Linda Sari, D.Th
Ketua Penjaminan Mutu Internal
Pdt. Dr. Sudianto, M.Si.
Kepala Program Magister
Pdt. Dr. Retni Mulyani, M.Si.
Sekretaris Senat STT GKE
Pdt. Dr. Bimbing Kalvari
Sekretaris Penjaminan Mutu Internal
Pdt. Dr. Happy Seviana Undas 
Kepala Bagian Pengembangan Sumber Daya Manusia
Pdt. Dr. Tahan Mentria Cambah 
Kepala Bagian Pembinaan Teologi dan Pelayanan Masyarakat
Pdt. Kinurung Maleh, D.Th
Kepala Bagian Publikasi dan Teknologi
Pdt. Lia Afriliani M.Th.
Kepala Bagian Spiritualitas/Pendeta Kampus
Pdt. Gabriella Tara Yohanessa, M.Th
Kepala Bagian Tata Usaha
Hendra, S.Sos, S.Th., M.M.
Kepala Bagian Perpustakaan
Pdt. Hadi Saputra, M.Th., M.LIS-TL
Kabag Administrasi Keuangan dan Personalia
Sri Winda Yanti, S.Sos., M.M
Sekretaris Program Studi Sarjana Teologi
Wahyuno, S.Kom
